Depuis le 1er mars 2025, l’indemnisation des arrêts maladie ordinaires dans la fonction publique a changé de barème. Un agent public en congé de maladie ordinaire ne touche plus 100 % de son traitement pendant les trois premiers mois, mais 90 %. Cette réforme, portée par la loi de finances 2025, laisse en revanche inchangés les droits liés à une affection de longue durée, au congé de longue maladie et au congé de longue durée selon les nouvelles dispositions légales.
Baisse de l’indemnisation à 90 % : ce qui change en 2025
La mesure phare de cette réforme concerne le congé de maladie ordinaire (CMO). Pour tout arrêt accordé après le 1er mars 2025, l’indemnisation passe de 100 % à 90 % du traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois de l’arrêt. Cette baisse touche les fonctionnaires titulaires et stagiaires, qu’ils travaillent à temps complet ou à temps partiel, dans les trois versants de la fonction publique.
Concrètement, un agent qui perçoit 2 000 euros de traitement brut mensuel verra sa rémunération descendre à 1 800 euros pendant son congé maladie ordinaire, avant application du jour de carence. L’objectif affiché par le gouvernement est de rapprocher le régime de l’agent public de celui du salarié du secteur privé, où les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne couvrent jamais l’intégralité du salaire sans complément employeur.
Après les trois premiers mois, le taux d’indemnisation redescend à 50 % du traitement pour les neuf mois suivants, comme c’était déjà le cas avant la réforme. Seule la première période a donc été revue à la baisse par ce texte.
Ce que dit précisément la loi de finances 2025
L’article 189 de la loi de finances pour 2025 modifie le Code général de la fonction publique pour les seuls congés de maladie ordinaire. Les congés liés à une ALD, un CLM ou un CLD ne sont pas concernés par cette baisse de taux.
Jour de carence et ALD : règles et exonérations
Le jour de carence reste applicable dans la fonction publique pour tout congé de maladie ordinaire : le premier jour d’arrêt n’est pas rémunéré, sauf exceptions prévues par les textes. Cette règle, instaurée en 2018 puis retouchée à plusieurs reprises, continue de s’appliquer en parallèle de la baisse à 90 %.
La situation change dès lors qu’un agent est reconnu en affection de longue durée par la Sécurité sociale. Dans ce cas précis, le jour de carence peut être exonéré pour les arrêts liés directement à l’ALD reconnue, sous réserve que le lien médical entre l’arrêt et la pathologie longue durée soit établi par le médecin traitant ou le service de santé au travail. Cette exonération ne s’applique pas automatiquement à tout arrêt de l’agent, mais uniquement à ceux rattachés à l’affection reconnue.
Pour un fonctionnaire suivi pour une ALD, il est donc essentiel de faire préciser sur l’arrêt de travail le lien avec la pathologie reconnue, afin de bénéficier de cette exonération de carence et éviter une perte de rémunération supplémentaire déjà réduite par la baisse à 90 %.
Distinction entre ALD, CLM et CLD : ne pas confondre
Ces trois notions sont souvent mélangées alors qu’elles renvoient à des logiques différentes. L’ALD (affection de longue durée) est une reconnaissance de la Sécurité sociale qui ouvre droit à une prise en charge à 100 % des soins liés à la pathologie, indépendamment du statut professionnel de la personne. Elle concerne aussi bien les salariés du privé que les agents publics.
Le CLM (congé de longue maladie) et le CLD (congé de longue durée) sont en revanche des dispositifs propres au statut de la fonction publique, qui organisent la rémunération de l’agent lorsqu’il est arrêté durablement pour une pathologie grave figurant sur une liste précise ou reconnue par un comité médical. Un agent peut être en ALD sans être placé en CLM, et inversement, même si dans la pratique les deux se recoupent souvent pour les pathologies lourdes.
| Dispositif | Nature | Effet sur la rémunération |
|---|---|---|
| ALD | Reconnaissance Sécurité sociale | Prise en charge des soins à 100 %, exonération possible du jour de carence |
| CLM | Congé statutaire fonction publique | Plein traitement puis demi-traitement, non touché par la réforme 2025 |
| CLD | Congé statutaire fonction publique | Plein traitement puis demi-traitement sur durée plus longue, non touché par la réforme |
Congé de longue maladie (CLM) et congé de longue durée (CLD)
Le congé de longue maladie s’adresse à un agent atteint d’une pathologie grave nécessitant un traitement prolongé. Il ouvre droit à un an à plein traitement, puis deux ans à demi-traitement, sur une durée totale maximale de trois ans. Ce régime n’a pas été modifié par la réforme de 2025, contrairement au congé de maladie ordinaire.
Le congé de longue durée concerne des pathologies encore plus lourdes, listées réglementairement (cancer, tuberculose, certaines affections psychiatriques notamment). Il permet à l’agent de bénéficier de cinq ans à plein traitement, puis trois ans à demi-traitement, soit une durée maximale de huit ans dans la fonction publique territoriale comme dans les autres versants. Là encore, aucune baisse d’indemnisation n’a été introduite par la nouvelle loi.
Ces deux dispositifs restent donc nettement plus protecteurs que le congé de maladie ordinaire, ce qui explique pourquoi la distinction avec l’ALD, souvent source de confusion chez les agents, mérite d’être clarifiée avant tout arrêt de longue durée.
Impact sur votre fiche de paie
Sur une fiche de paie, la baisse à 90 % se traduit par une ligne de retenue spécifique liée au congé de maladie ordinaire, distincte du jour de carence qui figure généralement sur une ligne à part. Un agent territorial ou hospitalier verra donc apparaître deux mécanismes cumulatifs pendant un arrêt classique : la perte du premier jour non rémunéré, puis la retenue de 10 % sur le traitement des jours suivants pendant les trois premiers mois.
Pour un agent placé en CLM ou en CLD, la fiche de paie ne montre pas cette retenue de 10 %, puisque ces congés restent indemnisés selon les règles antérieures. La vigilance porte donc surtout sur les arrêts de courte et moyenne durée, où la réforme produit un effet immédiat et mesurable sur le montant net perçu chaque mois.
Les services de gestion des ressources humaines, notamment dans les centres de gestion de la fonction publique territoriale, recommandent aux agents de vérifier systématiquement le motif de l’arrêt indiqué par leur médecin, afin de s’assurer que le bon régime d’indemnisation, ALD, CLM, CLD ou congé maladie ordinaire, est bien appliqué sur leur traitement, notamment lors d’une reprise du travail après un accident sans certificat médical final.